基于网络药理学探讨紫草治疗痤疮的潜在作用机制

摘要: [摘要] 目的:运用网络药理学方法探讨紫草在预防和治疗痤疮中的潜在作用机制。方法:通过TCMSP平台筛选紫草的活性成分,结合PubChem与SwissTargetPrediction预测其潜在靶点。进一步整合GeneCards、OMIM和TTD数据库...
  • DOI:

    10.13738/j.cnki.acc.qklw60536

  • 专辑:

    科学Ⅰ辑;信息科技

  • 专题:

    信息、科学;综合科技

  • 分类号:

    G90;N92

[摘要] 目的:运用网络药理学方法探讨紫草在预防和治疗痤疮中的潜在作用机制。方法:通过TCMSP平台筛选紫草的活性成分,结合PubChem与SwissTargetPrediction预测其潜在靶点。进一步整合GeneCards、OMIM和TTD数据库获取痤疮相关靶点,利用Venny工具筛选两者的交集靶点。基于交集靶点,构建“药物-成分-靶点”网络及PPI网络并筛选核心靶标,最后通过DAVID数据库进行GO与KEGG富集分析。结果:共筛得紫草活性成分23种,对应513个靶点,与痤疮相关的共有靶点77个。PPI分析识别出TNF、STAT3、MMP9、EGFR等16个核心靶点。GO分析显示这些靶点主要参与PI3K正调控、细胞凋亡负调控及胶原分解等过程。KEGG通路富集提示其作用机制涉及癌症、EGFR-TKIs信号通路、类固醇激素合成等多个通路。结论:紫草可能通过多成分、多靶点协同调控炎症反应,在痤疮治疗中发挥潜在作用。本研究为紫草的临床应用与机制研究提供了理论依据。

[关键词]紫草;痤疮;网络药理学;作用机制

[中图分类号]TQ      [文献标识码]A

痤疮是一种多因素引起的毛囊皮脂腺慢性炎症疾病,其特点在于面部、胸背部等区域出现散在分布的针尖至米粒大小的皮疹,这些皮疹能挤出白色颗粒状物,且部分患者在皮疹消退后可能形成瘢痕疙瘩。痤疮的发病涉及多种因素,主要包括内分泌失调、皮脂分泌过多、皮脂腺导管和毛囊口角化异常,以及微生物特别是痤疮丙酸杆菌的过度增殖等[1]。虽然已有大量研究,但痤疮的具体发病机制尚未完全明确。

紫草,主要分为新疆紫草和内蒙紫草,其根部干燥后入药,性质偏寒凉,口感兼具甘与咸味[2]。现代药理学研究表明,紫草具有清热解毒、抗炎等多种药理作用,在治疗湿疹、水火烫伤等疾病方面展现出显著的疗效[3, 4]。然而,关于紫草在治疗痤疮方面的具体作用机制,目前临床上尚缺乏清晰的认识。为了深入探究紫草治疗痤疮的潜在机制,本研究采用了网络药理学的方法,系统地分析紫草的活性成分、靶点以及信号通路,从而预测紫草治疗痤疮的潜在作用机制。这一研究不仅有助于深化我们对紫草药理作用的理解,还可能为痤疮的治疗提供新的思路和策略。

1  资料与方法

1.1 药物活性成分及靶点预测

通过TCMSP平台(https://www.tcmsp-e.com/)筛选紫草活性成分,设置OB≥30%、DL≥0.18为筛选条件。将成分信息导入PubChem(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)获取SMILES编号,再输入Swiss Target Prediction(http://www.swisstargetprediction.ch/),选择“Homo sapiens”,以Probability*>0.1筛选潜在靶点并获取对应Uniprot ID。

1.2 疾病靶点获取

以“ACNE”为关键词,在GeneCards(https://www.genecards.org/)中筛选相关性评分 >1 的痤疮相关基因,并结合OMIM(https://omim.org/)与TTD(https://db.idrblab.net/ttd/)数据库,整合去重后获得疾病潜在靶点。

1.3 共同靶点筛选与韦恩图绘制

使用Venny 2.1.0在线工具(https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/),对紫草活性成分靶点与痤疮相关靶点取交集,获取共同靶点并绘制韦恩图。

1.4 构建“药物-成分-靶点”网络图

将紫草活性成分及对应靶点导入Cytoscape 3.10.0软件,利用Network Analysis插件进行拓扑分析,并以Degree值排序,筛选排名前十的成分作为核心活性成分。

1.5 PPI网络构建与核心靶点筛选

将共同靶点导入STRING数据库(https://string-db.org/)构建PPI网络,并在Cytoscape中进行可视化分析。根据Degree、Closeness和Betweenness三项指标的中位数,筛选出核心靶点。

1.6 GO与KEGG富集分析

利用DAVID数据库进行GO注释与KEGG通路富集分析,生物物种设为“Homo sapiens”。分析结果通过“微生信”平台进行可视化处理。

2  结果

2.1  紫草活性成分的筛选  从TCMSP数据库中筛选出紫草的活性成分,去重后共得到亚麻油酸乙酯、齐墩果酸、熊果酸、谷甾醇等23个有效活性成分。

2.2紫草和痤疮共同作用靶点的筛选  去重后获得紫草有效活性成分靶点共513个。以“ACNE”为关键词在OMIM数据库中检索到靶点基因14个,TTD数据库中检索得到靶点基因28个,GeneCards 数据库中检索获得靶点基因1818个。共计1860个靶点基因,去除重复最终得到785个疾病靶点。将紫草的活性成分靶点和痤疮的靶点导入Venny2.1.0作图可得共同作用靶点77个,见图1。

基于网络药理学探讨紫草治疗痤疮的潜在作用机制(图1)

图1  紫草活性成分和痤疮靶点的韦恩图

2.3  药物-活性成分-靶点网络的构建和分析  将紫草的有效活性成分及其对应的靶点基因进行整合后导入Cytoscape 3.10.0软件中进行Degree值分析并依据其结果构建“药物-活性成分-靶点”网络图。如图 2。其中亚麻油酸乙酯、齐墩果酸、熊果酸、谷甾醇节点较大表示其Degree值较大,靶点之间的联系较强。通过以上分析,取Degree值排名前十的为核心活性成分,见表1。

表1  紫草主要活性成分基本信息

MOL

化合物

OB

DL

MOL001494

Mandenol(亚麻油酸乙酯)

42%

0.19

MOL000263

Oleanolic acid(齐墩果酸)

29.02%

0.76

MOL000511

Ursolic acid(熊果酸)

16.77%

0.75

MOL002883

Ethyl oleate(油酸乙酯)

32.4%

0.19

MOL000359

Sitosterol(谷甾醇)

36.91%

0.75

MOL001498

Ethyl stearate(硬脂酸乙酯)

17.7%

0.19

MOL005855

Tormentic acid(委陵菜酸)

11.4%

0.71

MOL001499

Ethyl tetracosanate(木焦油酸乙酯)

15.07%

0.4

MOL001492

Ethyl icosanoate(二十烷酸乙酯)

16.67%

0.25

MOL005796

Lignocerol(二十四烷醇)

11.27%

0.28

 基于网络药理学探讨紫草治疗痤疮的潜在作用机制(图2)

图 2 紫草-活性成分-靶点网络图

2.4蛋白质-蛋白质相互作用网络图的构建  将Venn图所得的77个紫草和痤疮的交集靶点录入STRING数据库,最低交互分数设定为中等可信度(0.400),构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。导入Cytoscape 3.10.0软件进行拓扑分析,得到含75个节点,561条边的图,以Degree>14.96、Closeness>0.0070266、Betweenness>71.57333333筛选出核心靶点16个。如图 3。其中TNF、STAT3、MMP9、EGFR节点颜色较深表示其度值较大,与其他靶点的联系较强,推测为紫草治疗痤疮的主要潜在作用靶点。如表2。

基于网络药理学探讨紫草治疗痤疮的潜在作用机制(图3) 

图3  紫草治疗痤疮PPI网络图

表2 紫草治疗痤疮的核心靶点

关键靶点

度值

紧密中心值

介数中心值

TNF

56

0.010869565

1348.764121

STAT3

45

0.009615385

436.7901025

MMP9

40

0.009090909

226.585751

EGFR

38

0.009009009

216.7854907

PPARG

38

0.009009009

363.1793129

ESR1

38

0.009009009

424.8522839

SRC

38

0.009009009

248.2931293

MMP2

30

0.008196721

76.03063853

KDR

27

0.008

82.19725073

PRKACA

23

0.008

122.8688852

ACE

21

0.007751938

147.570002

NR3C1

21

0.007751938

151.5470986

AR

21

0.007751938

88.78193701

HDAC1

17

0.007518797

162.8745463

CASP1

17

0.007194245

79.44276003

2.5 GO功能分析和KEEG信号通路富集结果  通过DAVID数据库对紫草与痤疮的交集靶点进行GO富集分析,共获得BP条目381个、CC条目54个、MF条目150个。以P<0.05为筛选标准,最终保留BP 306项、CC 46项、MF 61项,并各选前10项(共30项)用于可视化分析(图4)。KEGG富集共识别出120条通路,取前20条构建气泡图(图5)。分析结果显示,紫草治疗痤疮的作用机制主要涉及PI3K正调控、凋亡抑制(BP),膜筏、γ-分泌酶复合物(CC),核受体和内切蛋白酶活性(MF),以及癌症、内分泌抵抗、EGFR-TKIs、类固醇激素合成等关键信号通路。

基于网络药理学探讨紫草治疗痤疮的潜在作用机制(图4)

图4  紫草治疗痤疮的潜在作用靶点的GO分析图

基于网络药理学探讨紫草治疗痤疮的潜在作用机制(图5) 

图5  紫草治疗痤疮的KEGG信号通路富集图

3  讨论

痤疮作为一种慢性炎症性皮肤疾病,其发病机制复杂多样。现有研究普遍认为,痤疮丙酸杆菌是引发痤疮的主要病原体,其产生的脂肪酶可将皮脂中的甘油三酯分解为甘油和脂肪酸,这一过程可能促进了粉刺和炎症的形成。此外,心理应激状态也被证实在一定程度上可以诱发一系列皮肤疾病,尤其是免疫炎症反应。紫草作为一种传统中草药,其提取液中的左旋紫草素展现出抗炎、抗病毒、抗氧化等多重药理活性,而紫草中的萘醌类成分更是通过下调炎症介质如TNF-α等的表达,展现出显著的抗炎效果。

本研究基于TCMSP数据库,成功筛选出紫草的23个有效活性成分,并通过“药物-活性成分-靶点”网络分析,确定了亚麻油酸乙酯、齐墩果酸、熊果酸、谷甾醇等为紫草的主要活性成分。亚麻油酸乙酯作为一种长链脂肪酸乙酯,已被证实能够抑制炎症因子的释放;而齐墩果酸和熊果酸作为三萜类化合物,能够通过稳定生物膜避免其被炎症因子损伤,从而实现抗炎作用;另外,谷甾醇等植物甾醇也被证实具有抗炎活性,还能有效抑制角质形成细胞的过度增殖。

GO富集分析的结果显示,紫草治疗痤疮主要通过PI3K的正调控、凋亡过程的负调控、胶原蛋白分解代谢过程等生物过程来实现。KEGG通路分析则表明,紫草核心成分治疗痤疮主要通过癌症、内分泌抵抗、EGFR-TKIs、类固醇激素生物合成等信号通路发挥作用。有研究显示,恶性实体瘤的生成速率常快于正常血浆供应速率,导致环境中缺氧和营养物质匮乏,进而促进炎症介质的释放;内分泌抵抗信号通路的表达与炎症因子的产生密切相关;而EGFR-TKIs则可能通过增加巨噬细胞的浸润来引发炎症反应。鉴于痤疮的发生与区域炎症紧密相关。

综上所述,紫草中的亚麻油酸乙酯、齐墩果酸、熊果酸、谷甾醇等核心活性成分,通过抑制TNF、STAT3、MMP9、EGFR等靶点的表达,调控癌症、内分泌抵抗、EGFR-TKIs、类固醇激素生物合成等信号通路,发挥抗炎作用,进而治疗痤疮。未来,我们将继续深入探索紫草治疗痤疮的具体机制,以期为其在临床上的广泛应用提供更有力的支持。

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