- DOI:
10.13738/j.cnki.acc.qklw60536
- 专辑:
科学Ⅰ辑;信息科技
- 专题:
信息、科学;综合科技
- 分类号:
G90;N92
[摘要] 目的:运用网络药理学方法探讨紫草在预防和治疗痤疮中的潜在作用机制。方法:通过TCMSP平台筛选紫草的活性成分,结合PubChem与SwissTargetPrediction预测其潜在靶点。进一步整合GeneCards、OMIM和TTD数据库获取痤疮相关靶点,利用Venny工具筛选两者的交集靶点。基于交集靶点,构建“药物-成分-靶点”网络及PPI网络并筛选核心靶标,最后通过DAVID数据库进行GO与KEGG富集分析。结果:共筛得紫草活性成分23种,对应513个靶点,与痤疮相关的共有靶点77个。PPI分析识别出TNF、STAT3、MMP9、EGFR等16个核心靶点。GO分析显示这些靶点主要参与PI3K正调控、细胞凋亡负调控及胶原分解等过程。KEGG通路富集提示其作用机制涉及癌症、EGFR-TKIs信号通路、类固醇激素合成等多个通路。结论:紫草可能通过多成分、多靶点协同调控炎症反应,在痤疮治疗中发挥潜在作用。本研究为紫草的临床应用与机制研究提供了理论依据。
[关键词]紫草;痤疮;网络药理学;作用机制
[中图分类号]TQ [文献标识码]A
痤疮是一种多因素引起的毛囊皮脂腺慢性炎症疾病,其特点在于面部、胸背部等区域出现散在分布的针尖至米粒大小的皮疹,这些皮疹能挤出白色颗粒状物,且部分患者在皮疹消退后可能形成瘢痕疙瘩。痤疮的发病涉及多种因素,主要包括内分泌失调、皮脂分泌过多、皮脂腺导管和毛囊口角化异常,以及微生物特别是痤疮丙酸杆菌的过度增殖等[1]。虽然已有大量研究,但痤疮的具体发病机制尚未完全明确。
紫草,主要分为新疆紫草和内蒙紫草,其根部干燥后入药,性质偏寒凉,口感兼具甘与咸味[2]。现代药理学研究表明,紫草具有清热解毒、抗炎等多种药理作用,在治疗湿疹、水火烫伤等疾病方面展现出显著的疗效[3, 4]。然而,关于紫草在治疗痤疮方面的具体作用机制,目前临床上尚缺乏清晰的认识。为了深入探究紫草治疗痤疮的潜在机制,本研究采用了网络药理学的方法,系统地分析紫草的活性成分、靶点以及信号通路,从而预测紫草治疗痤疮的潜在作用机制。这一研究不仅有助于深化我们对紫草药理作用的理解,还可能为痤疮的治疗提供新的思路和策略。
1 资料与方法
1.1 药物活性成分及靶点预测
通过TCMSP平台(https://www.tcmsp-e.com/)筛选紫草活性成分,设置OB≥30%、DL≥0.18为筛选条件。将成分信息导入PubChem(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)获取SMILES编号,再输入Swiss Target Prediction(http://www.swisstargetprediction.ch/),选择“Homo sapiens”,以Probability*>0.1筛选潜在靶点并获取对应Uniprot ID。
1.2 疾病靶点获取
以“ACNE”为关键词,在GeneCards(https://www.genecards.org/)中筛选相关性评分 >1 的痤疮相关基因,并结合OMIM(https://omim.org/)与TTD(https://db.idrblab.net/ttd/)数据库,整合去重后获得疾病潜在靶点。
1.3 共同靶点筛选与韦恩图绘制
使用Venny 2.1.0在线工具(https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/),对紫草活性成分靶点与痤疮相关靶点取交集,获取共同靶点并绘制韦恩图。
1.4 构建“药物-成分-靶点”网络图
将紫草活性成分及对应靶点导入Cytoscape 3.10.0软件,利用Network Analysis插件进行拓扑分析,并以Degree值排序,筛选排名前十的成分作为核心活性成分。
1.5 PPI网络构建与核心靶点筛选
将共同靶点导入STRING数据库(https://string-db.org/)构建PPI网络,并在Cytoscape中进行可视化分析。根据Degree、Closeness和Betweenness三项指标的中位数,筛选出核心靶点。
1.6 GO与KEGG富集分析
利用DAVID数据库进行GO注释与KEGG通路富集分析,生物物种设为“Homo sapiens”。分析结果通过“微生信”平台进行可视化处理。
2 结果
2.1 紫草活性成分的筛选 从TCMSP数据库中筛选出紫草的活性成分,去重后共得到亚麻油酸乙酯、齐墩果酸、熊果酸、谷甾醇等23个有效活性成分。
2.2紫草和痤疮共同作用靶点的筛选 去重后获得紫草有效活性成分靶点共513个。以“ACNE”为关键词在OMIM数据库中检索到靶点基因14个,TTD数据库中检索得到靶点基因28个,GeneCards 数据库中检索获得靶点基因1818个。共计1860个靶点基因,去除重复最终得到785个疾病靶点。将紫草的活性成分靶点和痤疮的靶点导入Venny2.1.0作图可得共同作用靶点77个,见图1。

图1 紫草活性成分和痤疮靶点的韦恩图
2.3 药物-活性成分-靶点网络的构建和分析 将紫草的有效活性成分及其对应的靶点基因进行整合后导入Cytoscape 3.10.0软件中进行Degree值分析并依据其结果构建“药物-活性成分-靶点”网络图。如图 2。其中亚麻油酸乙酯、齐墩果酸、熊果酸、谷甾醇节点较大表示其Degree值较大,靶点之间的联系较强。通过以上分析,取Degree值排名前十的为核心活性成分,见表1。
表1 紫草主要活性成分基本信息
MOL | 化合物 | OB | DL |
MOL001494 | Mandenol(亚麻油酸乙酯) | 42% | 0.19 |
MOL000263 | Oleanolic acid(齐墩果酸) | 29.02% | 0.76 |
MOL000511 | Ursolic acid(熊果酸) | 16.77% | 0.75 |
MOL002883 | Ethyl oleate(油酸乙酯) | 32.4% | 0.19 |
MOL000359 | Sitosterol(谷甾醇) | 36.91% | 0.75 |
MOL001498 | Ethyl stearate(硬脂酸乙酯) | 17.7% | 0.19 |
MOL005855 | Tormentic acid(委陵菜酸) | 11.4% | 0.71 |
MOL001499 | Ethyl tetracosanate(木焦油酸乙酯) | 15.07% | 0.4 |
MOL001492 | Ethyl icosanoate(二十烷酸乙酯) | 16.67% | 0.25 |
MOL005796 | Lignocerol(二十四烷醇) | 11.27% | 0.28 |

图 2 紫草-活性成分-靶点网络图
2.4蛋白质-蛋白质相互作用网络图的构建 将Venn图所得的77个紫草和痤疮的交集靶点录入STRING数据库,最低交互分数设定为中等可信度(0.400),构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。导入Cytoscape 3.10.0软件进行拓扑分析,得到含75个节点,561条边的图,以Degree>14.96、Closeness>0.0070266、Betweenness>71.57333333筛选出核心靶点16个。如图 3。其中TNF、STAT3、MMP9、EGFR节点颜色较深表示其度值较大,与其他靶点的联系较强,推测为紫草治疗痤疮的主要潜在作用靶点。如表2。
图3 紫草治疗痤疮PPI网络图
表2 紫草治疗痤疮的核心靶点
关键靶点 | 度值 | 紧密中心值 | 介数中心值 |
TNF | 56 | 0.010869565 | 1348.764121 |
STAT3 | 45 | 0.009615385 | 436.7901025 |
MMP9 | 40 | 0.009090909 | 226.585751 |
EGFR | 38 | 0.009009009 | 216.7854907 |
PPARG | 38 | 0.009009009 | 363.1793129 |
ESR1 | 38 | 0.009009009 | 424.8522839 |
SRC | 38 | 0.009009009 | 248.2931293 |
MMP2 | 30 | 0.008196721 | 76.03063853 |
KDR | 27 | 0.008 | 82.19725073 |
PRKACA | 23 | 0.008 | 122.8688852 |
ACE | 21 | 0.007751938 | 147.570002 |
NR3C1 | 21 | 0.007751938 | 151.5470986 |
AR | 21 | 0.007751938 | 88.78193701 |
HDAC1 | 17 | 0.007518797 | 162.8745463 |
CASP1 | 17 | 0.007194245 | 79.44276003 |
2.5 GO功能分析和KEEG信号通路富集结果 通过DAVID数据库对紫草与痤疮的交集靶点进行GO富集分析,共获得BP条目381个、CC条目54个、MF条目150个。以P<0.05为筛选标准,最终保留BP 306项、CC 46项、MF 61项,并各选前10项(共30项)用于可视化分析(图4)。KEGG富集共识别出120条通路,取前20条构建气泡图(图5)。分析结果显示,紫草治疗痤疮的作用机制主要涉及PI3K正调控、凋亡抑制(BP),膜筏、γ-分泌酶复合物(CC),核受体和内切蛋白酶活性(MF),以及癌症、内分泌抵抗、EGFR-TKIs、类固醇激素合成等关键信号通路。

图4 紫草治疗痤疮的潜在作用靶点的GO分析图
图5 紫草治疗痤疮的KEGG信号通路富集图 |
3 讨论
痤疮作为一种慢性炎症性皮肤疾病,其发病机制复杂多样。现有研究普遍认为,痤疮丙酸杆菌是引发痤疮的主要病原体,其产生的脂肪酶可将皮脂中的甘油三酯分解为甘油和脂肪酸,这一过程可能促进了粉刺和炎症的形成。此外,心理应激状态也被证实在一定程度上可以诱发一系列皮肤疾病,尤其是免疫炎症反应。紫草作为一种传统中草药,其提取液中的左旋紫草素展现出抗炎、抗病毒、抗氧化等多重药理活性,而紫草中的萘醌类成分更是通过下调炎症介质如TNF-α等的表达,展现出显著的抗炎效果。
本研究基于TCMSP数据库,成功筛选出紫草的23个有效活性成分,并通过“药物-活性成分-靶点”网络分析,确定了亚麻油酸乙酯、齐墩果酸、熊果酸、谷甾醇等为紫草的主要活性成分。亚麻油酸乙酯作为一种长链脂肪酸乙酯,已被证实能够抑制炎症因子的释放;而齐墩果酸和熊果酸作为三萜类化合物,能够通过稳定生物膜避免其被炎症因子损伤,从而实现抗炎作用;另外,谷甾醇等植物甾醇也被证实具有抗炎活性,还能有效抑制角质形成细胞的过度增殖。
GO富集分析的结果显示,紫草治疗痤疮主要通过PI3K的正调控、凋亡过程的负调控、胶原蛋白分解代谢过程等生物过程来实现。KEGG通路分析则表明,紫草核心成分治疗痤疮主要通过癌症、内分泌抵抗、EGFR-TKIs、类固醇激素生物合成等信号通路发挥作用。有研究显示,恶性实体瘤的生成速率常快于正常血浆供应速率,导致环境中缺氧和营养物质匮乏,进而促进炎症介质的释放;内分泌抵抗信号通路的表达与炎症因子的产生密切相关;而EGFR-TKIs则可能通过增加巨噬细胞的浸润来引发炎症反应。鉴于痤疮的发生与区域炎症紧密相关。
综上所述,紫草中的亚麻油酸乙酯、齐墩果酸、熊果酸、谷甾醇等核心活性成分,通过抑制TNF、STAT3、MMP9、EGFR等靶点的表达,调控癌症、内分泌抵抗、EGFR-TKIs、类固醇激素生物合成等信号通路,发挥抗炎作用,进而治疗痤疮。未来,我们将继续深入探索紫草治疗痤疮的具体机制,以期为其在临床上的广泛应用提供更有力的支持。
参考文献
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